Bonjour.
Je ne sais pas avec quoi vous avez nettoyé mais visiblement quelque chose costaud.
Pour rattraper ça, vous pouvez essayez dans un premier temps la paille de fer alliée à une bonne dose d'huile de coude. L’avantage est de ne pas trop attaquer le bois en profondeur et de ne pas créer de creux.
Il faut bien frotter et toujours dans le sens du bois.

Si cela ne suffit pas, il faudra en effet poncer avec du papier de verre. Un grain fin pour ne pas trop creuser le bois non plus.
Pour la protection à l'avenir, la vitrification n'est pas la seule solution et pas la plus saine.
Vous pouvez utiliser l'huile de lin en plusieurs couches pour saturer le bois et donc le rendre étanche.

Cordialement.
Benjamin